[Avatar-Lion]

wbrb, Windows 7 при установке создаёт два раздела (скриншот):
1) Системный + Активный. Как правило, он размером всего 100Мб. Он будет нужен, если вы задействуете в будущем BitLocker encryption, также он используется для WRE (Windows Recovery Environment). В общем-то, это реально полезная вещь в случае смерти ОС, он предоставляет хорошие возможности реанимации ОС без использования каких-либо загрузочных флэшек и дисков.
2) Обычный, с папкой Windows, Program Files и т.п.

Почему у вас этот стомегабайтный раздел "растянулся" на весь терабайтник - неизвестно, да и какая разница? Инструкция по решению вашей "проблемы" заключается в следующем:
- Подключите все диски к материнской плате (порядок подключения значения не имеет, там SATA-контроллер сам с ними разбирается)
- Запустите установщик Windows 7 и удалите все разделы со всех жёстких дисков
- Выключите компьютер, отсоедините все жесткие диски, кроме того, на который хотите поставить систему
- Снова запустите установщик Windows 7 и создайте диск С: нужного объёма. Установщик спросит, хотите ли вы создать дополнительный раздел в 100Мб (согласитесь)
- После установки снова подключите все диски, зайдите в Управление дисками и создайте на них нужные разделы с нужными буквами, метками и т.п.

P.S. Некоторые материнские платы очень "умные" и самовольно меняют порядок загрузки с жёстких дисков при их перетыкании. На последнем пункте убедитесь, что в BIOS'е первым стоит именно тот хард, на котором у вас ОС установлена.