[yurfed]

Для чего это делается и нюансы процесса... »

Если флешка 4ГБ или меньше, смысла переформатировать её нет ни какого. Для флешек большего объёма, как вам сказал Polyarnik, есть смысл в формате NTFS, т.к. файл, размером более 4ГБ на FAT32 не сможете записать.
Можете заглянуть и сюда MultiBoot USB - Мультизагрузочная флешка. Различные утилиты для флешек собраны "в одном флаконе", в том числе и форматирование HP USB Disk Storage Format Tool

ЗЫ Моё сугубо личное мнение, флешки с FAT32 работают немного быстрей.