[yurfed]

там действительно написано, что лучше и быстрее ставить в первичный слот »

На какой странице мануала это написано? Сам мануал. Возможно имелся ввиду двухканальный режим, но и с одноканальным никаких тормозов быть не должно. Вы просто не поймёте даже в каком режиме работаете, пока специальными программками это не выясните.

проверял на наличие ошибок »

Чем проверяли? Проверяйте с Victoria. Ссылку давал выше.
Где SMART дисков?

Винчестер есть еще второй - Hitachi 1000 Gb, но на него винда не хочет устанавливаться, при выборе диска установки не дает на него установиться. С чем это может быть связано? »

На что ругается, какую ошибку показывает. В общем всё подробно.
В БИОСе посмотрите в каком режиме SATA контроллер (IDE, SATA, AHCI, RAID)