Всему виною рукоблуды хардоделы, подстраивающие парковку под поведение винды, где сброс дисковых буферов происходит чаще, чем в линуксе. Но всё поправимо, с той или иной стороны. Можно сброс буферов поднастроить в линуксе, а можно парковку под сброс буферов (последнее не всегда, wdidle больной пример). А можно просто купить SSD и забыть о всей этой ерунде.