[LehaMechanic]

1. Выполнить проверку диска на ошибки силами ОС:
chkdsk X: /f/r/x, где X - буква проверяемого раздела.

2. Можно ещё отключить файл подкачки и проверить, не включена ли дефрагментация по расписанию в самой винде или какой-то программе, а также проверка на вирусы по расписанию. Вообще изучить планировщик заданий.

3. Можно взять Process Monitor и последить, что происходит в процессах, таким образом выявить виновных.

Удерживает количество уже установленных программы и подозрение, что новая инсталляция снова может наткнуться на эту проблему »

Оптимально сделать так: взять образ AcronicTrueImage для LiveCD, записать с него загрузочную болванку, загрузиться с неё, создать полный архивный образ диска C, и сделать одно из двух: отформатировать диск и развернуть на него обратно созданный образ, или отформатировать и установить новую ОС. Если в ней проблема останется, можно будет быстро вернуть прежнюю винду из образа.