[vadblm]

Примерно такую команду в cron раз в сутки:
find /home/backup/dostup -mtime +14 -exec /bin/mv {} /home/backup/old_dostup_files/ \;

Все файлы, изменявшиеся давнее 14 дней будут перемещены в /home/backup/old_dostup_files/ без сохранения относительного пути. Пустые директории также не трогаются, вам надо будет придумать, как их удалять, сделав исключение, чтобы удалялись только папки, которые юзеры сами накропали у себя в шарах.
Без этого условия удаление пустых папок также просто:
find /home/backup/dostup -type d -empty -exec rmdir {} \;