[Foreigner]

Что делать »

Либо вызывай с помощью call ( для этого и предназначен ), либо start'уй cmd:

Код:

start /wait cmd /c "Paint.NET\install.bat"
start /wait cmd /c "PDFCreator\install.bat"
start /wait cmd /c "TuneUp Utilities 2012 12.0.3600.104 RePack\S_TUNEUP2012_SILENT_RUS.cmd"

call "Paint.NET\install.bat"
call "PDFCreator\install.bat"
call "TuneUp Utilities 2012 12.0.3600.104 RePack\S_TUNEUP2012_SILENT_RUS.cmd"

Соответственно надо указывать либо полный путь, либо подстановку пути относительно стартового батника:

Код:

"C:\Some Folder\Paint.NET\install.bat"

"%~dp0Paint.NET\install.bat"