[gora]

Код:

@Echo Off
:: Файл со строкой 11111111,2222222,,,444444,777,,555555,,-1,-1,-1
Set list=e:\Temp\list.txt
:: Получаемый файл
Set OutFile=e:\Temp\OutFile.txt

For /F "tokens=* usebackq" %%i In ("%list%") Do Set line=%%i
Set line=%line:-=%
(For %%i In (%line:,= %) Do Echo %%i)>"%OutFile%"