[megaloman]

При такой постановке надёжнее выделять номер из имени исходного файла. Вот вариант решения (похоже, не очень элегантный)

Код:

@Echo Off

SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion

FOR /D %%p IN ("D:\Папка номер 1\*.*") DO (
        Set From=%%p
        Set To=!From:D:\Папка номер 1=D:\Упорядоченная папка!
        Set NewName=%%~nxp

        If Not Exist "!To!\" md "!To!\" 
        
        FOR %%f IN ("%%p\*.*") DO (
		Call :Number "%%~nf"
		If Not !Num!==0 Copy "%%f" "!To!\!NewName!_!Num!%%~xf" >Nul
	)
)
GoTo :Eof

:Number

Set Num=0
Set N=%~1

Set NN=%N:~-1%
Set M=%N:~-2%
If "%M:~0,1%"=="_" Set Num=00%NN%& GoTo :Eof

Set NN=%N:~-2%
Set M=%N:~-3%
If "%M:~0,1%"=="_" Set Num=0%NN%& GoTo :Eof

Set NN=%N:~-3%
Set M=%N:~-4%
If "%M:~0,1%"=="_" Set Num=%NN%& GoTo :Eof

Ограничение: Пронумерованных файлов в папке не может быть более 999. При желании эту цифру можно увеличить. При отсутствии номера, символа _ перед ним, превышения числа ограничения файл скопирован не будет

Замечание насчет замены Copy на Move остаётся в силе