[vasketsov]

Что значит заменить (на что-то совсем свое или на другую версию)?

Во-первых, он загружается как драйвер режима ядра. Поэтому сам файл можно спокойно переименовать или удалить (у меня так по крайней мере на 2000АС), правда, только до перезагрузки. Так что вопрос равносилен вопросу как файлы переписывать?

Если интересно как менять файлы, на которые говорит система, что они открыты - так посмотри ф-цию MoveFileEx по-моему, там все очень подробно описано, даже ключики все и что она делает.

Во-вторых, можно при загрузке указать какое ядро брать.
Это в файле boot.ini делается.

/HAL=<имя файла>
/KERNEL=<имя файла>
Вместе с параметром /HAL позволяет загрузить выбранные версии ядра и/или HAL. Например, /KERNEL=MYKERNEL.EXE /HAL=MYHAL.DLL