[megaloman]

нужен батник который будет переименовывать файлы в этих папках по названию папок_счётчик

- как просили, так и получили, про расширение тут нет ничего. Я сделал с расширением, плюс сделал выравнивание по номеру, не 1, 2,3 а 001 002 003 -считаю это более удобным. Замечание насчет замены Copy на Move остаётся в силе

Код:

@Echo Off

SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion

FOR /D %%p IN ("D:\Папка номер 1\*.*") DO (
        Set From=%%p
        Set To=!From:D:\Папка номер 1=D:\Упорядоченная папка!
        Set NewName=%%~nxp

        If Not Exist "!To!\" md "!To!\" 

	Set i=1001
	FOR /F "usebackq delims=" %%f IN (`Dir "%%p\*.*" /A:-D /B /O:D /T:C 2^>nul`) DO (
		Set ii=!i!
		Set ii=!ii:~-3!
		Copy "!From!\%%f" "!To!\!NewName!_!ii!%%~xf" >nul
		Set /A i=!i!+1
	)
)

В исходных папках файлы могут называться так: document_1.jpg, document_2.jpg и так далее, нумерация по времени создания. (первым создан файл document_1.jpg потом document_2.jpg. и т.д)

- похоже, Вы утаиваете реальную ситуацию, поэтому при нечёткой постановке задачи трудно делать то, что Вас удовлетворит. Что творится в исходной папке? Какие там файлы по имени? Пронумерованные или смесь нумерованных и любых?