[AMDBulldozer]

можно удалить только эти файлы ? »

Простите, но в чем сложность скопировать целиком /etc/apt? Поверьте, это более надежный способ проверки. Потом вернете всё обратно - я же не предлагаю удалять старый каталог. "mv /etc/apt /etc/apt.save", копируете /etc/apt с другого компьютера, выполняете "apt update", пробуете установить ntp, удаляете /etc/apt (rm -rf /etc/apt) и возвращаете исходную версию директории (mv /etc/apt.save /etc/apt).

Кстати, если вопрос стоит только в установке демона NTP, можно с таким же успехом сделать это вручную, скопировав пакет из директории /var/cache/apt/archives того сервера, который его всё-таки установил и установив командой dpkg -i.