koresaram
Что такое HTMLTMPL? CPAN search ничего о нём не знает, значит это не "стандартный" модуль -> ничем сходу помочь нельзя. В простейшем случае придётся добавить три строчки в "шаблонизатор", что бы научить его вставлять скрипты.
Добавлено:
Прошу прощения, кажись просто там поиск не работал, он мне и модуль CGI не нашёл, сейчас в других источниках посмотрю.
Добавлено:
koresaram
Вот документация:
http://theoryx5.uwinnipeg.ca/CPAN/da.../HTMLTMPL.html Что непонятного-то?
В соответствующем .tpl файле, где надо поставить счётчик вписывается __counter__.
Соответственно код для включения файла будет выглядеть примерно так:
Код:

open(COUNTER, "| /path/to/your/counter/script")
$counter = join('', <COUNTER>);
close(COUNTER);
$counter =~ s/.*?\n\n//s; # удаляем HTTP-заголовок
$tpl=new HTMLTMPL;
$tpl->src($bottom);
$tpl->counter($counter);
$tpl->output();
Или можно поиграться с перенаправлением вывода и просто включить файл счётчика через require (если оно на перле, конечно), сбросив вывод в переменную.