[zion87]

Может так?

Код:

@Echo Off
SetLocal EnableDelayedExpansion
Set preset=^
 а_a б_b в_v г_g д_d е_e ё_yo ж_zh з_z и_i й_i к_k л_l м_m н_n о_o п_p р_r с_s т_t у_u ф_f х_kh ц_c ч_ch ш_sh щ_sh ъ_. ы_y ь_. э_e ю_yu я_ya^
 А_A Б_B В_V Г_G Д_D Е_E Ё_Yo Ж_Zh З_Z И_I Й_I К_K Л_L М_M Н_N О_O П_P Р_R С_S Т_T У_U Ф_F Х_Kh Ц_C Ч_Ch Ш_Sh Щ_Sh Ъ_. Ы_Y Ь_. Э_E Ю_Yu Я_Ya

Set /p Data=Введи текст:
Set Result=
Set n=0
:_loop
Set Char=%Data:~,1%
For %%I In (%preset%) Do For /F "tokens=1,2 delims=_" %%A In ("%%I") Do If "%Char%"=="%%A" Set Char=%%B
Set "$=!$:%%%Char%%%!"
If %n% NEQ 0 Set $=%$:~2%
Set /a n+=1
Set Result=%Result%%$%
Set Data=%Data: =_%
Set Data=%Data:~1%
If Defined Data GoTo _loop 

Echo %Result% >>name.txt

Обязательное сохранение с кодировкой 866!!!