[Dzirt2005]

Я использую Оперу, возможно, именно после ее запуска и стартует каждый раз скайп. »

Ну так выясните, после каких именно ВАШИХ действий стартует Skype, в конце концов возьмите Process Explorer и посмотрите кто в Parent Process у запущенного Skype.

PS: И при установке программ, подобных Skype никогда не нужно ставить все "по-умолчанию", всегда нужно выбирать "Настраиваемую установку" и отключать весь "мусор", идущий в довесок к устанавливаемой программе, в первую очередь все тулбары/расширения для браузеров.