У меня была как-то похожая проблема.
Может это и странно, но проблему сам того не ожидая, решил при помощи дефрагментатора O&O Defrag Pro 16
http://www.oo-software.com/en/produc...index.html?r=s
Поставил на самую лучшую и медленную дефрагментацию.
Винт перестал скрипеть.
Может и Вам поможет.