Я снимаю образ всего раздела, для этого гружусь с флешки (подойдёт любая Live система) и дальше так:
Код:

mkdir /mnt/gentoo
mount /dev/sda3 /mnt/gentoo
dd if=/dev/zero of=/mnt/gentoo/zero.bin
rm -f /mnt/gentoo/zero.bin
umount /dev/sda3
mount /dev/sdb5 /mnt/gentoo
dd if=/dev/sda3 | gzip > /mnt/gentoo/sda3.img.gz
umount /dev/sdb5
Создание файла с нулями нужно для лучшей сжимаемости, в отдельных случаях так можно сэкономить процентов 30 объёма итогового сжатого образа. Вместо gzip я лично использую pigz - многопоточную версию gzip, которая на многоядерных процессорах сокращает время снятия образа раза в полтора. Распаковка делается так:
Код:

gunzip -c sda3.img.gz > /dev/sda3
в итоге все данные на разделе, включая саму ФС, заменяются на данные из образа. Разумеется, названия разделов и пути у каждого будут своими...