[yurfed]

В блоках питания с мощностью от 500 ватт есть кулер 120x120, установленный на нижнюю стенку бп. Вопрос такой, как тогда происходит охлаждение бп, если при установке в ATX-корпус кулер находится внутри корпуса? »

Вентиляция идёт от нижнего вентилятора на "морде" корпуса через блок питания и/или через сам блок питания и вентилятор взади, на выдув.
Если у вас не так, позаботьтесь о нормальном корпусе. Вентиляторы возможно прийдётся докупить. Посадочные места иногда бывают пустыми.
Совершенно без разницы какой размер вентилятора. Принцип работы всегда один.