[exo]

P.S И хотелось бы такой прокси, который не надо настраивать на клиентских машинах и прописывать"интернет через прокси", что бы всё было на сервере. »

в таком случае это будет прозрачный прокси, у которого нет авторизации по пользователям.
В другом случае - нужно будет на каждом клиенте устанавливать агента прокси.

У меня Windows Server 2008R2 »

как уже отметили: squid + 2008 R2 + Kerberos c настройкой клиента через GPO. Только для IE, Chromа. Остальные браузеры руками... Squid можно установить на виртуальную машину на том же 2008 R2. Лицензии не нужно. Знание Linux и сквида - нужно.
Увы, статья без настройки ограничений, только базовая настройка авторизации в домене. Руки не дойдут до этого. Но с этим вам помогут в разделе Общий по Linux.