[hasherfrog]

Вообще-то, хм... popen - это по сути, fork. Какая программа должна завершиться первой? Та, которая отпочковалась или та, которая слушает процесс?
В приведённом мной последнем куске кода строка if (retval == -1) break прекращает слушание, потому что программа-потомок судя по всему, окончила работу. feof для FILE* при этом вернёт true, кстати. Но лучше не рассчитывать на FILE*, а работать с select'ом Ей можно после этого выходить. Если же основная программа хочет выйти первой, то она просто должна посиснуть на проводе с помощью pclose. как pclose вернёт управление - потомка нет, можно и самой уходить.
Надеюсь, мысль понятна...