[K.A.V.]

Но так как пакет будет работать именно с этой программой, то мне придется учитывать эту особенность »

Ну тогда чуть измените код, и, пропишите просто сообщение, как вы и сделали, но только чуток измените команду после нажатия ОК, у вас сейчас при нажатии ОК идёт попытка убития процесса, можете сделать, чтобы был просто повторный поиск...вот так:

Код:

MessageBox MB_OKCANCEL|MB_ICONEXCLAMATION "Для продолжения необходимо выгрузить $\nПожалуйста, закройте приложение самостоятельно.$\n$\nМожете отказаться от установки, нажав кнопку 'Отмена'" idOK -2

Ничего из кода не удаляйте, а просто замените символ + на -

P.S.
А если по хорошему и у вас проект будет постоянно компилироваться новыми версиями, и, чтобы при каждой компиляции не заморачиваться редактированием исходников, можете создать "Выполнить собственные функции" и просто подключаемая заранее написанная вами функция будет подключаться к проекту