[AMDBulldozer]

Проще всего было бы сделать, установив opendpi.

Тогда маршрутизация torrent-трафика через второго провайдера выглядело бы примерно так (пишу навскидку и не проверяю):

iptables -t mange -A OUTPUT -m opendpi --bittorrent -j MARK --set-mark 2
iptables -t mange -A PREROUTING -m opendpi --bittorrent -j MARK --set-mark 2
ip route add default via <ip шлюза второго провайдера> table torrent
ip rule add fwmark 2 table torrent

Идея, я думаю, понятна.

P.S. Всё написанное выше - увы, бред. Раньше такое работало, но, увы, проект OpenDPI по каким-то причинам прекратил существование, ему на смену пришел какой-то nDPI, но я с ним не знаком. Решил не удалять это сообщение. Пусть останется как напоминание о том, насколько быстро устаревают знания.

Можно, конечно, задать диапазон портов для торрента через --destination-port, но это куда менее красивое решение.