[Iska]

Дело в том, что до этой операции я файлики проганяю через Text Duplicate Killer , и еще раз проверил, нету там никаких дубликатов, »

Я это тоже проверял. Дубликатов нет.

а в тех 17 строках, такие данные, которых вообще не может быть, так как бы оторванные цифры .. »

Сочувствую Вашему горю, но ничем помочь не могу: «105» — строка №2007, «10949» — строка №2824 и т.д.

Из письма в PM:

А может быть такое, если в одном файле есть к примеру 10949 а в другом 1094911, то в итоге скрипт посчитает что это не разные, а одинаковые ?

Нет, не может. Главное — чтобы пробелов не было слева/справа, хотя и это можно будет учесть, если потребуется.