[Lisabon]

После включения установки .NET Framework 3.5 в Windows 8 - его либо надо скачивать с интернета ! »

Скачивать с интернета, да это идиотизм, при условии, что необходимые компоненты есть под рукой в дистрибутиве Windows 8.

Либо вошкаться с установочным диском, вводить длиннющую команду и т.д »

А вот это не идиотизм. Не хочешь вводить, сделай bat-файл с этой строкой, и запускай от админа, делов то...

Потому и желателен автономный обыкновенный нормальный установщик конкретной версии. »

Да зачем городить, и усложнять себе же жизнь?!
Воспользовался командой: Dism /online /enable-feature /featurename:NetFx3 /All /Source:x:\sources\sxs /LimitAccess
и радуйся.

Если хочешь автономный сделай его сам. С твоими познаниями в NSIS, это будет очень просто. Берёшь папку sxs с дистрибутива Windows 8 в зависимости от разрядности распаковываешь нужную папку sxs , далее запускаешь туже уже знакомую командную строку: Dism /online /enable-feature /featurename:NetFx3 /All /Source:x:\sources\sxs /LimitAccess

Городить отдельный дистрибутив не вижу смысла, так как есть дистрибутив под рукой.

И почему бы не убрать зависимости одной версии от другой, просто внеся перед установкой 3.5, детектируемые установочные данные о предыдущих версиях ? »

Да потому, что версии 3 и 3.5 - это дополнение или скажем расширение версии 2. Версии 3 и 3.5 зависят компонентно от 2-й. Вот статья с msdn о зависимостях. Например, приложения требующие .NET Framework 3, могут использовать компоненты .NET Framework 2.