[prosto user]

1) Скачал прошивку »

какую версию? Нужно устанавливать первоначальную, так как прошивка была неудачной.
По пунктам:
5) Отключить электропитание ПК, вытащить шнур питания и открыть корпус ПК в соответствии с инструкциями производителя
6) отключить все кабели от контроллера, подключить перемычку и перевести контроллер в режим 0
7)снова подключить шнур питания, включить ПК и загрузиться с диска, содержащим AFU.exe
8) в командной строке выполнить a:\afu update /c x, где x -номер вашего контроллера.
9) добавить остальные флоппи (по требованию программы)
10) по завершении процесса, отключить ПК от электросети, вытащить шнур питания и удалить перемычку.
11) Закрыть корпус, подключить шнур питания и снова включить ПК.

7) запустил afu, она запускается в gui »

почему у вас gui, а не dos? сделайте скриншот этого gui.