[AMDBulldozer]

По расписанию. Piriform Defraggler. Сейчас эта программа пишет что фрагментирован 1% файлов. Системная программа дефрагментации Windows пишет "Производительность файловой системы хорошая, выполнять дефрагментацию не требуется." »

К сожалению, программы для дефрагментации HDD ни в коем случае нельзя, никогда, ни при каких условиях запускать на SSD. Точнее можно, но только в одном случае - если Вам нужно как можно быстрее добиться от начальства списания этого накопителя как полностью пришедшего в негодность.

В результате Вы имеете сейчас повышенный износ накопителя и жутко фрагментированную фс.
Одного этого достаточно для того, чтобы объяснить низкую производительность диска.
Если Вас не затруднит, покажите, пожалуйста, значения атрибутов smart для обоих дисков.
Меня больше всего интересуют 207, 208 и 233 атрибуты (называю на память, могу ошибиться).
Но, лучше всего, выложите их все. У SSD обычно намного меньше сенсоров, чем у HDD, а номера атрибутов, к сожалению, могут меняться от производителя к производителю.

Стоит ли сменить диски на SAS HDD? Уменьшится ли деградация дисков со временем? »

У исправного HDD снижения производительности самого устройства со временем в принципе не существует.