[AMDBulldozer]

если у меня кластер 1мб, то 500 файлов по 1кб будут весить 500 мб я правильно понял? »

Честно признаться, именно этот момент я намеренно опустил в своём предыдущем сообщении. На самом деле, некоторые файловые системы (в том числе, насколько мне известно, NTFS) поддерживают "упаковку хвостов"). То есть, если имеется большое количество мелких файлов, эти системы могут паковать их по несколько штук в один кластер. Либо, упаковать туда "хвост" файла - ту его часть, которая должна была бы не полностью занять последний кластер.
Поскольку поддержка такой возможности в некоторых ФС не реализована вообще (FAT), а в других реализована совершенно по-разному (Reiserfs, NTFS), то, не зная типа файловой системы, невозможно предсказать какой объем дискового пространства займут файлы в Вашем случае.

P.S. Вообще, если персонально Вы не занимаетесь разработкой драйверов файловых систем, разумнее всего не рассчитывать на то, что ФС за Вас упакует несколько файлов в один кластер. Пользоваться такими большими кластерами особого смысла нет (скорость ввода вывода они Вам не только существенно не увеличат, но, как мы увидим далее, могут даже уменьшить). Кстати, у всех известных мне ФС предельный размер кластера строго ограничен. ФС ext2/3/4 имеют фиксированную величину блока 1, 2 или 4кБ (термин "блок" для файловых систем Unix имеет то же значение, что термин "кластер" для MS-DOS/Windows). Максмальный размер блока для Reiserfs - 8 кБ, UFS - 32кБ, XFS и NTFS - 64 кБ, JFS и ZFS - 128 кБ. Мегабайтные блоки не поддерживает ни одна из известных мне ФС (может быть какая-то и позволяет их создавать, но мне она неизвестна). Не поддерживает именно потому, что, по мнению разработчиков, они не нужны.
Но, если, по каким-то причинам, уже возникла ситуация, когда Вам необходимо хранить много маленьких файлов в ФС с огромными кластерами, сами организуйте их в архивы размером в несколько кластеров (можно без сжатия).
Вы скажете, что это повлияет на скорость выполнения файловых операций? Так "упаковка хвостов" на них влияет точно так же.