[Iska]

Например, так:

Код:

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion

set /a iCount = 1

for /f "delims=" %%i in (Sample.txt) do (
	echo.%%i>!iCount!.txt
	set /a iCount += 1
)

endlocal
exit /b 0

Пустые строки будут пропущены.