[vadblm]

make clean в первую очередь — убрать бинарники, оставшиеся от старой сборки, он их радостно ставит, не обращая на смену конфигурации, для которой необходима переборка.
Вообще, лучше устанавливать командой make install clean, чтобы сразу подтирать бинарники для сохранения места и чтоб не было впердь подобных недоразумений. А если ставится что-то тяжёлое, которое собирать долго, или нужно деплоить на несколько машин, или просто сохранить для истории, то следует пользоваться make package, полученный пакет можно устанавливать в случае чего стандартным pkg_add.