[MKN]

А вот насчёт следов... автоматические программы это делают с переменным успехом »

А чаще - восвсе "без успеха". Т.е. эти горе-чистильщики, либо что-то в упор не видят и не удаляют, либо удаляют не то, что надо. Тогда - беда.

но для 100% результата - только ручная чистка. »

Ручная чистка не гарантирует 100%. Но гарантирует, как правило, пустую трату времени.
Если речь о реестре, то почти 100% гарантию даст лищь бэкап реестра перед установкой ПО, с восстановлением после пробленм. Либо - отслеживание установки ПО соответчтвующим софтом, делающим снимки файловой системы и реестра, до и после установки.
Но и тут надо понимать , что отследилось, и что можно удалять.

Касательно моря программ-"чистильщиков" - то что они умеют и делают - пустое занятие и напрасная трата времени и денег.