[Iska]

что именно определяет горячие клавиши в Windows 7: это запись в реестре или изменения в каком-то файле »

Вопрос задан не вполне корректно.

Если подразумевалось: «С помощью какого механизма горячие клавиши с ярлыков, находящихся на Рабочем столе и в Главном меню, регистрируются как глобальные?» — то не скажу. Возможно, более опытные коллеги Вам подскажут.

Вообще же, по определению горячих клавиш в ярлыках — [MS-SHLLINK].pdf - Поиск в Google (на сайте Microsoft он, в виде отдельного файла, более недоступен), раздел 2.1.3, HotKeyFlags.

и можно ли назначить их с помощью BAT ? »

Если не рассматривать внешние утилиты — то нет.