[vxor]

сделайте 2 раздела - один для iso, и ничего туда не пишите кроме них, фрагментации быть не должно, если же она возникнет, то сделайте цыганскую дефрагментацию. ну а второй раздел, обычный, на котором эмулируемых iso не будет, и фрагментация которого не будет иметь значения. »

Сделал первый раздел. В нем большие файлы. Эмуляция происходит. Второй раздел будет для мелких файлов (не образы).

Копируете все файлы на другой носитель, раздел форматируете, файлы копируются назад на чистый раздел. »

Не подходит. На это надо тратить время. Нужен дополнительный (не маленький) носитель. Нужно для КАЖДОГО образа на первом разделе резервировать место. Или как-то копировать файл в заранее определенное пространство.