[vadblm]

Можете попробовать avidemux-cli

Код:

$ avidemux2_cli \ 
> --nogui \
> --video-codec COPY \ #( или X264, если в исходнике не H.264)
> --audio-codec AAC \ #(или COPY, если в исходнике уже AAC)
> --output-format MP4 
> --load input.mkv \
> --save output.mp4

У меня минутный семпл 720p в вышеприведённом примере перепаковало за 6 секунд, одной командой.

По поводу нескольких дорожек ничего не могу сказать, документация к CLI-версии avidemux скудновата, с разбегу не нашёл, как выбирать. Субтитры отвалились (а разве MP4 умеет их держать в себе?) В общем, пробуйте, может у вас лучше получится.