Iska, как-то из головы вылетела такая возможность. Вы правы, раз уж nircmd используется, глупо не сделать паузу через него.
Anufriev, немного поправил, проверьте вот этот скрипт
Код:

@Echo Off
:: Запускаем программу
Start "" "C:\BNK\01RKC#.EXE"
:: Ждём две секунды и делаем окно программы активным
Nircmdc cmdwait 2000 win activate stitle "ntvdm"
:: Посылаем нажатие 'I'
Nircmdc sendkeypress I
:: Ещё раз ждём две секунды и посылаем двойное нажатие 'ESC'
Nircmdc cmdwait 2000 sendkeypress esc esc