[njg]

Все решилось. Достаточно было написать файл 1.avs:

Код:

LoadPlugin("c:\Program Files\AviSynth 2.5\plugins\ffms2.dll")
V = FFVideoSource("путь к видео файлу")
A = FFAudioSource("путь к видео файлу")
AudioDub(V, A)

И открыть его как обычное видео в VirtualDub.
ну и в настойках даба поставить работу в YV12 пространстве.
Осталось только придумать как написать cmd скрипт, но это уже другой вопрос.