[lxa85]

int **a=new int *[nrow]; for (i=0; i<nrow; i++) a[i]=new int [ncol]; »

Как я понимаю - работа с указателями. Стоит ли?
Может для начала задать простой массив от 100 на 100 ? Для отладок лаб. вполне подойдет.

Средства отладки есть? Отрассировать алгоритм можете?
Чтобы не вбивать массивы каждый раз - "вшейте" несколько уже готовых наборов в программу. Если что закомментируйте, а перед сдачей - удалите лишние строки.

Код:

for (i=0; i<nrow; i++)
  for (j=0; j<ncol; j++) a[i][j] = i+j+1 ;

например. Затем при выполнении задайте несколько нулей и смотрите что получится.
Так же полезно периодически распечатывать массив для сравнения "было"->"стало".

Очень похоже на нарушение границ массива, но не уверен. Сейчас упрощу.
> a = new int *[nrow]
> a = int [nrow]

А когда идут поиски, то они идут до
i,j < ncol, norw
т.е. массив получается "обрамлен" нулями.

Сделайте предварительную распечатку массива. Можно в цикле проверки. Т.е. узнать, откуда прочитан нулевой элемент, должен ли он там быть и должен ли он быть прочитан.