[VictorSh]

Проблема: время от времени сервер становится недоступен некоторым компам в сети, при этом интересно то, что сервер некоторым компам доступен, а некоторым нет; при этом компы, которым сервер недоступен, видят основной сервер (DC), который находится в этой же сети физически, логически, висит на том же свитче, что интернет-сервер, и видят другие компы в сети. »

Судя по всему проблема софтверная

а компьютеры один и те же?
Что, если попробовать Linux клиенты повесить и посмотреть что будет?
Свитч не меняли?

Не знаю, а с лицензиями это никак не может быть связано? То есть в некоторые моменты времени к серверу уже подключено определенное лицензией число компов и больше нельзя?

Попробуйте, выключить вообще все сторонние службы на сервере и посмотреть появится ли проблема. Если нет, тогда ищите методом проб и ошибок виновную службу.