Iska, кажется решил, добавив путь для сохранения скачанного файла
Код:

call :GetTemporaryName
>"%TemporaryName%" 2>&1 "c:\перевалка\1\wget.exe" -N -P "c:\перевалка\1" "%sURL%" &&(
findstr.exe /r /c:"^Server file no newer than local file .* -- not
Видимо wget при запуске из планировщика не находил, что с чем сравнивать
