[Severny]

А лежат какие то дополнительные файлы в директории с батником, нужные для работы?
Просто екзешник запускает этот же батник, но во временной папке. В этом случае он их не увидит.
Можно глянуть в Process Explorer к примеру.
И батник неплохо бы лицезреть здесь.
Мы бы его потестили.