[Iska]

1. Речь идёт явно не о Java, а о JavaScript как одного из движков, входящих в состав WSH, а это принципиально разные технологии.

2. JavaScript никак не поможет Вам сделать это:

причем БЕЗ кнопки "OK" »

— в WSH отсутствуют какие-либо встроенные средства для этого. Потребуется, как минимум, использование промежуточного HTA.

3. Без блокирования ввода ничто не помещает пользователю запустить в момент обновления обновляемое приложение, что может привести к невозможности замены заблокированных файлов. И описанные Вами выше три пункта никак не могут помешать ему сделать это.

параметры обновления будут постоянно меняться (замена файлов по дате, дописать новые или заменить только отдельные каталоги и т.д.). »

Я вижу один приемлемый вариант — использование WiX, создание и использование msi/msp посредством групповой политики. Тогда уж точно не будет проблем, и не потребуется извращаться, как уберечься от пользователя.

Кстати, а почему обновление Вы делаете в сеансе пользователя, а не при загрузке машины (проще говоря — почему в контексте User, а не Computer)?