[Copter]

Проверять, запущено ли в этот момент само приложение не требуется, т.к. обновление начинается при входе в систему, но юзер может запустить программу в процессе обновления, и как результат часть файлов заблокируются. Поэтому описанные 3 пункта являются наиболее оптимальным решением для защиты от действий нетерпеливого пользователя.
В любом случае спасибо за предложение, но задача стоит именно так.

Отдельное спасибо за код, но опять же интересует именно bat файл(команды CMD+ява там, где иначе никак), потому как параметры обновления будут постоянно меняться (замена файлов по дате, дописать новые или заменить только отдельные каталоги и т.д.).
Батник используется как сценарий входа в винду пользователей домена. Нужно иметь возможность быстро поправить в зависимости от ситуации код не имея особых навыков программирования(печально но факт). Команды CMD достаточно просты в использовании, а куски явы (для вывода сообщений и их закрытия) можно использовать без особого понимания происходящих процессов, правя лишь выводимый текст.
Посему, основная задача сводится к 2м кускам ява кода, один из которых выведет окошко с нужным сообщением, а другой его просто закроет.