[vlad20]

под другой учётной записью вся история сохраняется-"Выполнить", IE, flash

нет, ни каких параметров нет(в разрешениях у пользователя на RunMRU полный доступ) »

ошибся, в HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\RunMRU параметры сохраняются

[Petya V4sechkin]

vlad20, выложите содержимое (в Regedit -> меню Файл -> Экспорт) разделов реестра:

• HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer
• HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\Explorer

С помощью Msconfig отключите сторонние (не Microsoft) программы и службы из автозагрузки.

[vlad20]

Windows Registry Editor Version 5.00 [HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer] "NoDriveTypeAutoRun"=dword:00000091

Windows Registry Editor Version 5.00 [HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\Explorer] "NoDriveTypeAutoRun"=dword:000000ff

Отключил все службы кроме служб Майкрософт, перезагрузился и проблема повторилась...

[Petya V4sechkin]

Отключил все службы кроме служб Майкрософт

А чего только службы?
Там еще вкладка Автозагрузка есть.

Само оно очищаться не может. Что-то его очищает.
Настройки антивируса и стороннего файрвола (если установлен) смотрите (приватность и т. п.).