[kotkovets]

wolkow70, Это нормально, пробуйте так, более надежно и быстрее.
FindWindow вызывается в каждом цикле 50 раз с задержкой 2мс, при найденном окне - прерывание цикла.

Код:

!macro CloseProgram NameProgramm
  ${For} $1 1 50
     FindWindow $0 "${NameProgramm}"
     ${If} $0 != 0
        MessageBox MB_OK "Окошко -${NameProgramm}-" IDOK
        System::Call "user32::PostMessage(ir0,i${WM_CLOSE},i0,i0)"
        ${Break}
     ${EndIf}
     Sleep 2
  ${Next}
!macroend
Function CloseProgram
   System::Store S
   !insertmacro CloseProgram "IEFrame"
   !insertmacro CloseProgram "OperaWindowClass"
   !insertmacro CloseProgram "MozillaWindowClass"
   System::Store L
FunctionEnd

т.е при не найденных окнах - окошко установщика появится где то через 300 мс (если сообщение убрать)
При желании оттачивания надежности, время задержки можно увеличить и количество вызовов FindWindow