1. можно, про 1с тонкий клиент почитай
http://v8.1c.ru/overview/Term_000000124.htm
2. FTP на windows не знаю, не пробЫвал, лучше уж на ubuntu server это дело поднять, надежней и безопасность намного выше . Обычно это организовывается поднятием vpn и дальше сотрудники подключившись удалено работаю так же как в обычной локальной сети.
