[Pasha_ZZZ]

опасаюсь, что могу столкнуться с подобной проблемой в будущем »

У микрософта куча проблем при установке даже из оригинальных инсталяторов. Некоторые апдейты (например, предназначенные для фреймворков без сервиспаков) не могут (и в принципе не должны) установиться на фреймы с сп, но на МУ светятся, пока не скроешь. А вообще, создание административных точек установки с последующей интеграцией обновлений - официальная задокументированная самим МС возможность ВиндоусИнсталлера.
Ну подумаешь, потом НСИСом упаковано, при установке же распаковывается в ТЕМП...