[Tau_0]

На что размер кластера повлияет? »

Посмотрите на хоботе “флуд” на эту тему.
Оптимальный размер кластера
http://forum.ixbt.com/topic.cgi?id=11:33304
От себя добавлю --- один плохой сектор убивает целый кластер. Это наш случай…

Сделал Erase для всех 9 секторов, При первом чтении сектора, время чтения может быть разное, но не больше 500ms, при повторном чтении все дают меньше 5ms. »

Звучит красиво но вот SMART не радует... --- атрибут 197 остался прежним. Хотя это и не довод --- SMART --- статистика, которая порой запаздывает и не отражает реальное положение вещей.
Вы запустите на досуге SCAN всего харда, --- от первого сектора до последнего. SCAN'у в этом деле я больше верю. Только не забудьте BlocSize выставить = 256 (можно и больше по степеням двойки).

Если я правильно понял, то все битые сектора затерлись и можно двигаться дальше? »

Дай Бог, если затёрлись, но по любому идём дальше --- на самом деле сбойные секторы нам не помеха, они не попадают в наши вожделенные 41,9 GB, --- посмотрите на LBA адреса бэдов. Но сюда (к проблеме физической и логической корректности раздела HDD USB) мы потом ещё вернёмся...

Если Вы уверены, что при обрезании раздела HDD USB на 41,9 GB данные не потерялись...???... --- идём дальше.

Теперь запустите штатный менеджер дисков Windows (выполнить diskmgmt.msc) и попробуйте из него создать основной (Primary) раздел NTFS на этих 41,9 GB. Отформатируйте его с размером кластера = 8 секторов (по умолчанию такое должно быть). Если менеджер дисков заартачится (хотя не вижу причин…) --- пропишем раздел вручную.
Картинки diskmgmt.msc “до” и “после” в студию.