[SkyF]

попробуйте сначала перенести ГК, а потом разорвите связь между вашими доменами (те прямо физически вы эмулируете раздельную работу). посмотрите как это отразится на работе:
а. контроллеров домена - естественно появятся ошибки синхронизации в журанлах
б. клиентах домена - возможност регистрации и испольщования ресурсов, ну и возможные ошибки в их журналах.

PS DNS зоны для каждого из доменов должны быть доступны клиентам всегда - те у вас должно быть 3 сервера DNS, каждый из которых располагается в своем домене и обслуживает своих клиентов - через него и будет производиться поиск ГК. Если у вас один сервер DNS с одной доной на 3 домена на все дерево - то при переносе любого домена - связь с этим DNS нарушится и это уже приведет к неработоспособности отцепленного домена.