[PhilB]

Вообще, wine - штука очень своеобразная.
Для каждого приложения проблемы, как правило, индивидуальны.
Но шансы успешного запуска *.exe можно повысить:
1. установив его на виртуальный wine`овский диск С;
2. доустановив все, что требуется, взяв это из windows;
3. воспользоваться winetricks, очень хороший инструмент, помогает выполнить пункт 2. В debian есть в репозитариях, думаю в других дистрибутивах тоже;
4. воспользоваться проффессиональными услугами портирования приложений (мне известен http://etersoft.ru/ ).
Хотя в большинстве случаев, лучше поискать линуксовые аналоги приложения.