[kiripanda]

2.

Код:

for /f "delims=" %%a in ('dir /b/a-d *.GW1 *.N10 *.wqS ^|findstr /r /g:masks2.txt') do @echo copy /y "%%a" ...

^9999[0-9][0-9]\. ^9999[0-9][0-9][0-9]\. ^9999[0-9][0-9][0-9][0-9]\.

для 1.
в коде: минус *.GW1 *.N10 *.wqS
в масках: плюс что ты там имел ввиду под "* = любому числу, как четырёхзначному так и двухзначному"