[PhilB]

Вообще, надо смотреть ~/.config/menus
Там должны быть пользовательские настройки меню gnome. По-видимому, там следует удалить файлы, хранящие пользовательские настройки (которые и были испорчены), чтоб gnome наследовал общесистемные настройки.
У меня там 1 файл с именем gnome-settings.menu и содержанием

Код:

<!DOCTYPE Menu
  PUBLIC '-//freedesktop//DTD Menu 1.0//EN'
  'http://standards.freedesktop.org/menu-spec/menu-1.0.dtd'>
<Menu>
	<Name>Desktop</Name>
	<MergeFile type="parent">/etc/xdg/menus/gnome-settings.menu</MergeFile>
</Menu>

То есть задано наследование общесистемных настроек.